El IEEPCO instaló once Comisiones permanentes y dos provisionales de cara al Proceso Electoral 2015-2016.

Comisiones Permanentes:
-Comisión de Educación Cívica y Mecanismos de Participación Ciudadana
-Comisión de Prerrogativas, Fiscalización y Partidos Políticos
-Comisión de Administración y Servicio Profesional Electoral
-Comisión de Capacitación, Organización Electoral y Vinculación con el Instituto Nacional Electoral
-Comisión de Sistemas Normativos Indígenas
-Comisión de Quejas y Denuncias
-Comisión de Transparencia
-Comisión de Género
-Comisión de Comunicación
-Comisión de Modernización Institucional
-Comisión de Reglamentos

Comisiones Provisionales
-Comisión de Candidatos Independientes
-Comisión de Voto en el Extranjero