Tra i più antichi al mondo e ospitato nei locali della Certosa monumentale di Pisa a Calci, il museo conserva ed espone collezioni uniche per importanza storica e scientifica, frutto di oltre 400 anni di storia della ricerca scientifico-naturalistica dell'Università di Pisa.

Reperti di zoologia, fossili e minerali sono esposti su oltre 4000 metri quadrati di sale e galleria disposte su tre piani. Di notevole interesse la galleria storica, la galleria dei Cetacei, il settore di Paleontologia e le sale degli acquari.

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