Presenta una leve elevación sobre el nivel de la plaza. Está toda ella decorada con mármoles orientales, esculturas, bronces, dorados, mosaicos, columnas y capiteles. No tiene la iluminación de Santa Sofía, pero destaca por la decoración que cubre la construcción de ladrillo, con mármoles, mosaicos de vidrio y oro en cúpulas y bóvedas. Nada más entrar, a la derecha se puede ver una pila en pórfido del siglo II y el baptisterio. En el altar hay un gran bloque de granito que sirve de mesa, traído de Tiro en el siglo XII, desde el cual y según la tradición habló Cristo a la multitud. Desde aquí hay una comunicación con la capilla Zen llamada así por el monumento funerario al cardenal Zen.
La Pala de oro.
La basílica tiene tres naves. El presbiterio está limitado por el gran iconostasio de influencia bizantina, coronado con las siguientes estatuas: La Virgen, San Juan y 12 Apóstoles.
En la nave central, en el reverso del tímpano de la portada principal, hay un mosaico del siglo XIII que representa a Cristo, la Virgen y San Marcos.
Detrás del altar mayor se encuentra la Pala de oro (pala d’Oro), trabajo de orfebrería bizantina y veneciana realizado entre los siglos X y XIV. Este retablo fue confeccionado con esmaltes engastados en monturas de oro y plata adornadas con pedrería.