يقع الجامع العمري الكبير في مدينة صيدا على تلة مرتفعة تطل على البحر من الجهة الغربية للمدينة القديمة, إلى الشمال من مدرسة المقاصد الخيرية الإسلامية بالقرب من الحمام المعروف باسم (حمام الورد).
وللمسجد مدخلان, الأول من الجهة الشرقية ينفذ إليه من خلال ممر متصل بشارع يعرف باسم شارع ضهر المير (الأمير) بين مبان لمدرسة المقاصد في الجهة الجنوبية, وأخرى سكنية في الجهة الشمالية من الممر. أما المدخل الآخر وهو المدخل القديم فيقع في المواجهة الشمالية للمبنى بالارتداد شرق الرواق الشمالي المطل على الصحن ويؤدي إلى ساحة يطلق عليها حارة الجامع.