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O Projeto Lontra tem como objetivo principal desenvolver estudos científicos sobre a espécie Lontra longicaudis. A abordagem é feita incluindo a bacia hidrográfica e os habitats da espécie. O Projeto Lontra é o projeto mais antigo do Instituto Ekkol Brasil, tendo iniciado em 1986. A linha de atuação do Projeto Lontra consiste na recuperação e conservação de espécies e ambientes costeiros, marinhos e de água doce. As ações do Projeto abrangem a recuperação, conservação e ampliação do conhecimento técnico de lontras e outros integrantes da família Mustelidae, além da implementação de um Centro de Visitação e Educação Ambiental.